A Área de Proteção Ambiental de Tamoios (APA-TAMOIOS) foi criada através do decreto lei nº 9.452 em 1982 e assinada em 1986 com o objetivo de assegurar a proteção do ambiente natural, das paisagens de grande beleza cênica e dos sistemas geohidrológicos da região, que abrigam espécies biológicas raras e ameaçadas de extinção, bem como comunidades caiçaras integradas naqueles ecossistemas. A parte insular abrange todas as terras emersas da Ilha Grande e de todas demais ilhas que integram o município de Angra dos Reis.
Considerada um santuário ecológico, pois abriga rica fauna e flora em remanescentes da Mata Atlântica, a ilha, que também faz parte da Reserva da Biosfera da UNESCO desde 1992, está integralmente incluída na Área de Proteção Ambiental dos Tamoios e contêm em seu território outras três unidades de conservação: o Parque Estadual da Ilha Grande, a Reserva Biológica e Arqueológica da Praia do Sul e a Reserva de Desenvolvimento Sustentável do Aventureiro.
A costa brasileira abriga um mosaico de ecossistemas de alta relevância ambiental. Ao longo da Ilha Grande podem ser encontrados manguezais, praias, ilhas, costões rochosos, baías, brejos, falésias, estuários, recifes de corais e outros ambientes importantes do ponto de vista ecológico, todos apresentando diferentes espécies animais e vegetais e outros. É na zona costeira que se localizam as maiores presenças residuais de Mata Atlântica. Neste ecossistema a vegetação possui uma biodiversidade superior no que diz respeito à variedade de espécies vegetais. Os manguezais, de expressiva ocorrência na Ilha Grande, também cumprem funções essenciais na reprodução biótica da vida marinha.
O Decreto 41.921, de junho de 2009, autoriza a instalação de novos empreendimentos em zona de conservação de vida silvestre da reserva, formada por cerca de 100 ilhas, além de uma faixa costeira de cerca de 80 quilômetros. Anteriormente, só eram permitidas reformas e ampliações das construções. O decreto do ex-governador do Rio de Janeiro, Sérgio Cabral, permite maior ocupação de áreas protegidas e a construção de empreendimentos nas ilhas da Baía da Ilha Grande, inclusive a Ilha Grande e a Ilha da Gipóia.
UMA AÇÃO DIRETA DE INCONSTITUCIONALIDADE (ADI 4370) CONTRA O DECRETO 41.921 TRAMITA NO STF, DESDE 2010, sem prazo para resolução.
Desde 2011 existe uma discussão sobre a criação da Área de Proteção Ambiental (APA) Estadual Marinha da Ilha Grande. Um projeto do, então secretário de Meio Ambiente, Carlos Minc. Segundo a proposta, há necessidade do controle e gestão do espaço marinho; espaço por definição constitucional de uso público, onde ocorrem conflitos e, muitas vezes, incompatibilidades de uso. A ausência de regulamentação e de controle das atividades tem acelerado a degradação do ecossistema da Baía da Ilha Grande, com consequente perda de biodiversidade e de qualidade ambiental e paisagística.
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